Правда, в самой этой фантазии могут быть обнаружены несообразности. Когда Морфеус (чернокожий лидер группы сопротивления, который верит, что Нео - Кеану Ривз - является Единственным, тем, кто может освободить их) пытается объяснить недоумевающему Нео, что такое Матрица, связывая ее с неким недостатком в структуре мира:

«Это чувство, которое ты испытываешь всю свою жизнь. Чувство, что в мире что-то не так. Ты не знаешь, что именно, но это чувство сидит у тебя в голове, словно заноза и сводит с ума. /…/ Матрица повсюду, вокруг нас, даже здесь - в этой комнате./…/ Это мир, который вертится перед твоими глазами, чтобы ослепить тебя и не дать увидеть истину». Нео: «Какую истину?» Морфеус: «Ту, что ты раб, Нео. Что ты, как и все, был рожден связанным… что тебя держали в тюрьме, которую нельзя ощутить на вкус, на запах, которую нельзя осязать. Это тюрьма для твоего разума».

Так переживание недостатка/несообразности/помехи, как предполагается, свидетельствует о том, что наше переживание реальности фальшиво - однако, ближе к концу фильма, Смит, агент Матрицы, дает другое, гораздо более фрейдистское объяснение:

«Знаете ли вы, что первая Матрица задумывалась как совершенный человеческий мир? Мир, где никто не страдает, где все счастливы? Это кончилось провалом. Никто не принял этой программы… Кое-кто считал, что у нас нет языка программирования для описания совершенного мира. Но я думаю, что человек как вид определяет свою реальность через страдание. Совершенный мир был сном, и примитивный мозг пытался очнуться от него. Вот почему Матрица была переконструирована - вот он, пик вашей цивилизации».

Здесь мы сталкиваемся с основной несообразностью фильма: несовершенство нашего мира является одновременно и знаком его виртуальности и знаком его реальности. Связанной с этой несообразностью является несообразность касательно смерти: почему умираешь «реально», если умираешь только лишь в ВР, регулируемой матрицей? Фильм дает темный ответ: Нео: «Если тебя убьют в Матрице, ты умрешь здесь?» (То есть не только в ВР (виртуальной реальности - А.С.), но и в реальной жизни.) Морфеус: «Тело не может жить без разума».