Обе стороны охотятся за Андерсоном, преследуя свои цели: “агенты” хотят использовать Андерсона как хакера для взлома системы защиты информации центрального сервера компьютерной сети подпольщиков, именуемого “Сион”; Морфеус видит в Андерсоне нового спасителя человечества — Нео, способного освободить людей из плена грёз, навеваемых поработившей всех “Матрицей”. В этом аспекте сюжет фильма перекликается с Библейскими повествованиями, в соответствии с которыми (и по Ветхому, и по Новому Завету) спасение человечества должно прийти от Мессии — Божьего Посланника. Поскольку новозаветная история Мессии наиболее всего распространена в западном обществе, то в фильме присутствует и аналоги её основных персонажей: Нео — аналог Христа, Морфеус — аналог Иоанна Предтечи; есть в фильме и свой Иуда.

Развитию этого сюжета свойственно всё, что свойственно всем триллерам: многочисленные погони, искусно поставленные драки и перестрелки, красочные убийства, щекочущие воображение зрителей ситуации, в которых “хэппи-енд” висит на волоске, и прочие атрибуты этого жанра. Все захватывающие сцены сюжета — выражение достижений современной компьютерной графики. И именно они наиболее привлекательны для молодого кинозрителя.

Но всего подобного с избытком и в других триллерах, и потому красочность фильма, все порождения компьютерной графики в нём и прочее не объясняют его необычайной популярности во всем мире. Так может быть кроме красочно поставленного мордобоя в фильме есть и иной — более значимый — смысл, не осознаваемое желание понять который и делает фильм столь популярным; особенно, популярным среди молодежи, которая только еще готовится войти в самостоятельную жизнь?

2. Охота на человека и вопросы жизни и смерти

“Охота на человека началась!” — этими словами начинается главная сюжетная линия фильма.