Осенью 1882 года у него обнаружили легкую форму тифа: в те времена многие желудочно-кишечные заболевания определялись как тиф. В начале следующего года с ним случился сначала ишиас, а потом оспа; из-за последней он на некоторое время попал в карантин. Письма, которые он оттуда писал своей невесте Марте, нагревали в сушильном шкафу до 120 градусов и стерилизовали. «Но этот вид цензуры не должен нас смущать», — успокаивал ее Фрейд.

Все чаще у него случались приступы ревматизма и мигрени, кроме того, он страдал хроническим воспалением придаточной пазухи носа. Все эти недуги в той или иной степени сопровождали его до самой смерти. Но он находил их безвредными по сравнению с мучившими его душевными проблемами. Действительно, Фрейд все чаще испытывал перепады настроения. В депрессивных фазах он не находил себе места: разрезал книги, разглядывал планы древней Помпеи, играл в шахматы, раскладывал карты — но не мог работать ни как врач, ни как автор. К этому прибавлялся невроз навязчивых состояний: психоаналитик боялся путешествий и опозданий, из-за чего он взял за правило появляться на платформе за час до отправления поезда. Ни один врач, даже он сам, не мог ему помочь. Любопытно, однако, что многие из этих расстройств исчезли, когда в 1902 году он был приглашен профессором в Вену.

В 1892 году у Фрейда началась тахикардия и одышка. Лечащие врачи не смогли прийти к единому диагнозу: одни говорили о стенокардии, другие — об истощении сердечной мышцы. Все тем не менее советовали пациенту бросить курить. Но идея отказа от табака была столь же фантастична для Фрейда, как единорог в берлинском зоопарке.