8 сентября 1896 года в Берлине было подписано специальное соглашение об условиях строительства магистрали. По желанию китайской стороны финансировать строительство должен был только что учрежденный Русско-Китайский банк, в который китайское правительство внесло около 18 миллионов франков. Устав банка разрешал получение концессий на строительство железных дорог. Берлинское соглашение предусматривало учреждение банком Общества Китайско-Восточной железной дороги. Акции общества могли приобретать как китайские, так и русские подданные.

Китайское правительство отказывалось от всякого вмешательства в финансовую сторону деятельности общества, то есть его доходы от эксплуатации построенной дороги освобождались от каких бы то ни было сборов и налогов. Правда, предусматривалась возможность выкупа Китаем дороги через 36 лет после окончания ее строительства. Спустя 80 лет после начала эксплуатации КВЖД бесплатно передавалась китайской стороне.

Общество Китайско-Восточной железной дороги должно было построить и эксплуатировать дорогу за собственный счет. В течение всех 80 лет с момента ее ввода в эксплуатацию китайское правительство не несло ответственности и не покрывало возможный финансовый дефицит. Основной пакет акций принадлежал Министерству финансов Российской империи, следовательно, все возможные издержки должны были покрываться Россией.

По Берлинскому соглашению России не разрешалось иметь свои войска на территории Северной Маньчжурии, где предполагалось строительство (хотя для ее охраны все же был создан сильный Заамурский корпус пограничной стражи). После окончания работ была возможна только лишь транзитная перевозка войск между станциями на российской территории «без остановок в пути под каким бы то ни было предлогом». Россия согласилась на все эти условия, потому что получала важные стратегические преимущества.