В этом институте Морозов выполнил основную часть своих известных исследований по древней хронологии (методами естественных наук) при поддержке группы энтузиастов и сотрудников института.

С 1922 г. он - почетный член Российской АН (с 1925 г. - АН СССР).

В 1907 г. Н.А.Морозов издал книгу "Откровение в грозе и буре" [139], где проанализировал датировку "Апокалипсиса" и пришел к выводам, противоречащим скалигеровской хронологии. В 1914 г. книгу "Пророки" [140], в которой на основе астрономической методики датирования была пересмотрена датировка библейских пророчеств. В 1924-1932 гг. Н.А.Морозов издал фундаментальный семитомный труд "Христос" [141], первоначальное название которого было "История человеческой культуры в естественнонаучном освещении", где изложил развернутую критику скалигеровской хронологии. Важным фактом, обнаруженным им, является необоснованность концепции, лежащей в основе принятой сегодня скалигеровской хронологии.

Проанализировав огромный материал, Н.А. Морозов выдвинул и частично обосновал фундаментальную гипотезу о том, что скалигеровская хронология древности искусственно растянута, удлинена по сравнению с реальностью. Эта гипотеза базируется на обнаруженных им "повторах", т.е. текстах, описывающих, вероятно, одни и те же события, но датированных затем разными годами и считающихся сегодня различными. Выход в свет этого труда вызвал оживленную полемику в печати, отголоски которой присутствуют и в современной литературе. Были высказаны некоторые справедливые возражения, однако в целом критическую часть труда "Христос" оспорить не удалось.

Судя по всему, Н.А.Морозов не знал о сходных трудах И.Ньютона и Э.Джонсона, практически забытых к его времени. Тем удивительнее, что многие выводы Морозова хорошо согласуются с высказываниями Ньютона и Джонсона.