В 1797 году Годвин женился на известной в то время в Англии публицистке Мэри Уолстонкрафт, авторе книги «Защита прав женщин». В том же году он закончил новую работу «Исследователь: размышления о воспитании, нравах и литературе». Она примечательна тем, что побудила тогда еще никому не известного Мальтуса написать «Очерк о законе народонаселения».
Семейное благополучие Годвина продолжалось недолго: жена его умерла при рождении первого ребенка. В 1798 году Годвин опубликовал ее жизнеописание под названием «Биография автора книги о защите прав женщин». Через год он издал роман «Сент–Леон». В этом романе, как и в «Калебе Вильямсе», Годвин выступает против привилегий, даваемых богатством и знатностью. Роман имел большой успех. В этот момент реакция в Англии праздновала победу, и Годвин стал предметом многочисленных нападок. Известный поэт «Озерной школы» Кольридж начала 1796г. выпускать журнал «Страж» («Watchman»), занимавшийся вопросами религии, политики и этики с реакционных позиций. В нем Кольридж объявил принципы Годвина морально порочными и оспаривал всемогущество разума. Еще более чувствительный удар был нанесен Годвину его бывшим другом, священником Парром, который в своей пасхальной проповеди в 1801 году воспользовался случаем, чтобы резко напасть на всю так называемую «новую философию» и ее защитников, главным же образом на Годвина. Эта проповедь была напечатана, и Годвин ответил на нее памфлетом «Мысли, вызванные чтением проповеди д–ра Парра», полемизируя не только с автором проповеди, но со всеми своими противниками, в том числе и с Мальтусом. Он пишет, что погребен в одной общей могиле с делом свободы и с любовью к ней.