Императрица поручила провести тщательное следствие об утечке секретных материалов. В указе отмечалось: «Сенаторам же, всем и каждому, так же генералу и обер-прокурорам объявляем, чтоб впредь с чужестранными министрами… никакого приватного обхождения и партикулярных свиданий и разговоров наедине и на ухо шептанья… никто не чинил, и от того всяк себя воздерживал; о производящихся же в Сенате секретных делах не токмо с чужестранными и своими, кому о том ведать не надлежит, но и со своими домашними и самыми ближними по родству разговоров не иметь, и все секретное, всем и каждому особливо вверенное, по учиненной о том присяге, содержать в секрете».

По поручению императрицы Н. Ю. Трубецкой выступал иногда и в роли высшего судьи в государстве. Так, он председательствовал в комиссиях, судивших Б.-Х. Миниха, А. И. Остермана, М. Г. Головкина (1741 год), А. П. Бестужева-Рюмина (1756 год).

Трубецкой являлся одним из ближайших сановников Елизаветы Петровны. 14 марта 1756 года императрица назначила его конференц-министром. За время своей долгой службы он был осыпан многими милостями и наградами. В 1740 году ему пожалован орден Св. Александра Невского, а 25 апреля 1742 года — орден Св. Апостола Андрея Первозванного. 5 сентября 1756 года за выдающиеся заслуги императрица произвела его в генерал-фельдмаршалы.

В 1760 году Н. Ю. Трубецкой покинул высший прокурорский пост. Он стал президентом Военной коллегии. Спустя три года вышел в отставку с «полным пенсионом».

По мнению современников, Никита Юрьевич «видел падение многих своих милостивцев и благоприятелей, сам нередко участвовал в гибели их и, ловко соображаясь с переменой обстановки, всегда умел своевременно оставить ослабевшую и перейти на сторону усилившейся партии». Эти качества, считали они, помогали ему в течение восьми царствований удерживать за собой посты в ряду «наиболее значительных государственных лиц».