Более энергично он руководил местными прокурорскими органами, направляя прокурорам коллегий и губерний свои «ордера», требуя от них отчеты по самым разнообразным вопросам и «приложения всемерного старания» к наведению порядка. Генерал-прокурор внимательно следил, чтобы подчиненные ему прокуроры беспрекословно выполняли свои обязанности и своевременно информировали его о всех выявленных ими нарушениях закона. Особое внимание всегда уделялось соблюдению казенных интересов.
Генерал-прокурор А. Н. Самойлов постоянно докладывал императрице Екатерине II о количестве и характере дел, которые расследовались полицией и рассматривались суда ми. Для этого он истребовал соответствующие ведомости от нижестоящих прокуроров. Значительное внимание он уделял работе с прокурорскими кадрами. Все назначения, увольнения, перемещения прокуроров и стряпчих производились через него. Он предоставлял им отпуска, или, как тогда писали, «увольнения», обычно на 29 дней, а если требовалось лечение — то и на более длительный срок, представлял к награждению чинами и орденами, объявлял взыскания за нерадение и т. п.
В качестве генерал-прокурора А. Н. Самойлов, как и его предшественники, стоял во главе политического сыска и руководил Тайной экспедицией. Делами этой экспедиции ему приходилось заниматься вплотную. После Великой французской революции в России резко обострилась обстановка. Вольнолюбивые мысли проникли во все слои населения. Создавались различные общества, печатались «крамольные» книги, все чаще и чаще звучала критика самодержавного правления, все громче раздавались призывы к уничтожению крепостной зависимости крестьян. В этих условиях была усилена карательная политика Екатерины II, проводником которой стал генерал-прокурор.