Как правило, так оно и было. И все же некоторым из них, порой заслуженно, а иногда и нет, самим пришлось побывать под следствием или судом по обвинению в различных преступлениях, в том числе и по службе. В подавляющем большинстве случаев обвинения потом отпадали. Находился под стражей даже самый первый генерал-прокурор граф П. И. Ягужинский, когда после смерти Петра I «верховники» намеревались захватить власть. За злоупотребления, допущенные при осуществлении деятельности, связанной с винным откупом, а также в Главном кригскомиссариате, лишился своего места, а затем попал под суд генерал-прокурор А. И. Глебов. Еще в бытность свою тамбовским губернатором Г. Р. Державин из-за происков генерал-губернатора Гудовича, с которым он не поладил, был предан суду Правительствующего сената, но его оправдали. До вступления в должность генерал-прокурора арестовали И. И. Дмитриева вместе с его товарищем Лихачевым по обвинению в «умышлении» на жизнь императора Павла I. Отпущены молодые люди были лишь после того, как генерал-губернатор Петербурга Архаров снял с них все обвинения, отыскав доносчика.

После Февральской революции 1917 года Временным правительством в числе других высших царских сановников были арестованы генерал-прокуроры И. Г. Щегловитов, Н. А. Добровольский и А. А. Макаров. Двое первых — за злоупотребления, допущенные ими в бытность свою на высшем прокурорском посту, а последний — в должности министра внутренних дел. Все трое казнены после Октябрьской революции. Генерал-прокурора А. А. Хвостова, хотя и не арестовывали, но он находился под следствием и допрашивался. При Советской власти содержались под стражей бывшие генерал-прокуроры С. С. Манухин (осужден в 1921 году по делу В. Н. Таганцева, но вскоре амнистирован) и П. Н. Малянтович (трижды). Последний арест для него оказался роковым. Обвиненный в контрреволюционной деятельности и выдаче предписания на арест В. И. Ленина накануне Октябрьской революции, он был расстрелян. В 1990 году полностью реабилитирован.