Этот во многом академический, чисто научный вопрос об отсутствии или наличии вертикального водообмен! в одном из окраинных морей СССР в наш беспокойный век превратился в политический. Профессор В. А. Водяницкий получил письмо от академика Л. А. Зенкевича. В нем были такие строки: «…необходимость сбрасывать куда-то отходы радиоактивной промышленности привела к тому, что в США и Англии серьезно дебатировался вопрос об использовании для этой цели Черного моря как водоема с очень низкими показателями вертикальной циркуляции… В январе в Гетеборге я очень решительно возражал против подобного предложения, ссылаясь на Ваши данные. Однако этого мало…» Академик обратился к Владимиру Алексеевичу с просьбой представить дополнительные убедительные аргументы для возражений.
Подготовленные профессором материалы о водообмене в Черном море дали возможность представителю СССР академику Л. А. Зенкевичу на конференции МАГАТЭ в Вене в 1957 г. доказать недопустимость захоронения в нем ядерных отходов. И все же предложения о таком захоронении еще публиковались в Англии и США до 1962 г.
В расширении масштабов исследовательских работ на Черном море большую роль сыграли новые НИС, поступившие в распоряжение ученых в 50-х гг. Первым из них было НИС «Академик А. Ковалевский», принадлежавшее Севастопольской биологической станции АН СССР, которая затем была преобразована в Институт биологии южных морей АН УССР.
Начальник ОМЭР АН СССР И. Д. Папанин договорился с Министерством рыбного хозяйства СССР о передаче ученым трех среднетоннажных рыболовных траулеров для переоборудования в НИС.