За столь ценного перебежчика сразу началась борьба между штабом дислоцированной в Маньчжоу-Го наиболее мощной Квантунской армии и властями в Токио. Командование Квантунской армии чувствовало себя в большой степени независимым от Военного министерства и императорского Генерального штаба. Однако центр одержал верх, и Люшков был направлен в Японию через Корею. Там его переезд обеспечивал штаб японской Корейской армии, более лояльной к Токио. Разведорганы Квантунской армии смогли лишь однажды допросить бывшего шефа Дальневосточного НКВД. На этом допросе, в день побега, Люшков, в частности, и заявил, что покинул СССР из страха погибнуть в одной из следующих «чисток». О намерении организовать покушение на советского вождя он не обмолвился ни словом. Между тем несколько десятилетий спустя Генриху Самойловичу приписали этот дерзкий замысел.

В книге японского журналиста Есиаки Хияма «Японские планы покушения на Сталина» утверждается, что после начала военного конфликта у озера Хасан из числа осевших в Маньчжурии русских белоэмигрантов японцам удалось сформировать отряд террористов, в задачу которых входило убийство Сталина. Для этого они поодиночке должны были перейти турецкую границу и добраться до Сочи, где в то время отдыхал Сталин. Там по сложной системе подземных коммуникаций боевикам предстояло проникнуть в павильон Мацесты как раз в то время, когда Иосиф Виссарионович будет принимать там грязевые ванны, и прикончить его. План будто бы разработал Люшков. Как полагал Хияма, Генрих Самойлович превосходно знал как систему охраны Сталина, так и подземные переходы комплекса Мацесты, поскольку раньше работал в центральном аппарате НКВД.

Несмотря натщательную подготовку, операция провалилась. Все террористы были схвачены при переходе советско-турецкой границы. Москву заранее предупредил о готовящемся покушении агент Борис Бжеманьский по кличке Лео, служивший в Министерстве иностранных дел Маньчжоу-Го. Он же сорвал и другой план, разработанный по наводке Люшкова. Накануне 1 мая 1939 года японские агенты должны были пронести мощную мину в Мавзолей. Ее часовой механизм был установлен на 10 часов утра, когда на трибуне Мавзолея должно было находиться все советское руководство. Но опять террорис гы были перехвачены и обезврежены еще на границе.