Посещая книжный магазин в районе Канда, Люшков особенно интересовался сочинениями Троцкого и его последователей. У работавших с комиссаром японцев создалось впечатление, что он либо раньше был троцкистом, либо теперь стал разделять идеи злейшего врага Сталина. Люшков будто бы говорил, что идеология троцкизма необходима для того, чтобы отвратить русский народ от сталинизма. Трудно себе представить, что Люшков когда-либо в прошлом принадлежал к троцкистской оппозиции. В этом случае он никак не смог бы продержаться до 1938 года на высоких постах в НКВД. Но в Японии, конечно, троцкизм вполне мог привлечь Генриха Самойловича как марксистская альтернатива сталинской идеологии. Японские офицеры, знавшие Люшкова, свидетельствуют, что он остался привержен тому, что называл «чистым ленинизмом». Он считал, что режим Сталина сам по себе не рухнет – его надо свергнуть. Генрих Самойлович по-прежнему был за коллективизацию, выступая только против насильственных методов ее проведения. В дальнейшем, под влиянием жизни в Токио, из троцкиста он превратился в «либерального коммуниста», близкого по взглядам к западноевропейским социал-демократам. С русской эмиграцией в Маньчжурии и Японии Люшков принципиально не поддерживал никаких контактов.

Конец Люшкова до сих пор покрыт мраком неизвестности. Наиболее достоверная версия основана на рассказе капитана японской разведки Такеоки Ютака, бывшего главы специального разведывательного агентства в Дайренском разведывательном отделении. Она сводится к следующему. В начале 1945 года Люшкова было решено отправить в Маньчжурию, поскольку все разведывательные данные об СССР и пропагандистские разработки на случай советско-японской войны теперь хотело сосредоточить у себя командование сильно ослабленной к тому времени Квантунской армии. Непонятно, почему туда не откомандировали другого перебежчика, Францевича, который был все-таки специалистом в военном деле и куда лучше Люшкова мог оценить данные о боевой мощи и планах Красной Армии.