Положение немецких частей было особенно сложным. Теоретически, различие между военным и гражданским управлением было достаточно очевидным. Армейские части осуществляли военное управление, а части СС и полиции — гражданское. Однако сферы деятельности этих учреждений часто пересекались, особенно это становилось заметно при проведении крупномасштабных карательных операций. На территориях, находящихся под контролем армии, армия отвечала за порядок. Но вся полнота власти оказалась разделенной между местными армейскими командирами и генерал-квартирмейстером. Если армейские командиры подчинялись ОКХ, то генерал-квартирмейстер — ОКВ. Ситуацию осложняло и то, что на этих территориях часто находились большие силы полиции и СС. Теоретически они должны были подчиняться армейскому командованию, но в действительности они действовали самостоятельно. Дело несколько упростилось в 1942 году, когда Гиммлера (Himmler) назначили ответственным по борьбе с партизанами на территории протекторатов, а начальник генштаба отвечал за борьбу с партизанами в прифронтовой зоне. На должность координатора контрпартизанской деятельности на Востоке был назначен генерал СС фон дем Бах-Залевски (Bach-Zalewski). Однако путаница с зонами контроля продолжалась. И не только на Востоке, но и на Балканах, где система, дублирующая обязанности СС и армии, часто приводила к напрасной трате сил.

Теоретически, войска СС должны были выступать в роли элитарной жандармерии, охраняя захваченные территории (попутно осуществляя расовую политику, провозглашенную фашистским руководством).