Вернуться в деревню заставил его отец, ложно известив о своей тяжкой болезни. Отец и бабушка скоро умерли, Никите пришлось вести хозяйство и жениться. Не сумев уйти в монастырь, он посвящается в священники, а затем по просьбе московских купцов переезжает в столицу. Понадобились годы и смерть троих детей, чтобы уговорить супругу поступить послушницей в московский Алексеевский девичий монастырь. В Анзерском скиту на Белом море монах Никон обрел свободу.

12 иноков острова разбрелись по кельям — дальше от людей, ближе к Богу. Никон питался запасом муки, привозимым на остров государевой милостью летом, ловил рыбу, растил овощи. Предавался посту и воздержанию, день и ночь молился, совершая по тысяче поклонов, спал мало. Стоило опочить — затворника обступали злые духи, кружились по келье мерзкие хари, давили во сне страшилища. Отбиваясь от них, Никон каждый день святил воду и кропил келью. Душа его пришла в смятение, когда супруга, живя не постриженной в монастыре, захотела вторично замуж выйти. Никон молился за ее спасение, писал родственникам, умоляя отвратить жену от соблазнов мира. Заставив женщину принять монашеский образ, Никон возблагодарил Бога, но Дьявол не отступался.

Настаивая на своих правилах монашеской жизни, он поссорился с братией и основателем скита, суровым отшельником Елиазаром Анзерским

В скитаниях Никон набрел на Кожеозерскую пустынь. Игумен и братия приняли монаха, взяв вместо вклада переписанные им книги: "Полуустав" и "Канонник". Никон стал священствовать, затем построил келью на уединенном островке и жил там, ловя рыбу. В 1643 г. братия умолила отшельника стать игуменом. Никон долго отговаривался, но все же пошел в Великий Новгород и поставлен был митрополитом Аффонием в игумены.

Через три года он поехал по нуждам Кожеозерской пустыни в Москву и познакомился там с людьми, боровшимися за истинное благочестие.