Французы возвращают победу, но сам Дезе погибает. Подхвативший удачу Наполеон наступает на австрийцев, уже празднующих победу. (Аналогичная ситуация возникнет при Ватерлоо, где маршал Груши, командующий другой группой войск, не решится на самовольство и Наполеон проиграет, не получив подкрепления). Плюс к этому - натиск Моро в Баварии, и Австрия подписывает в Алессандрии с Первым Консулом соглашение о прекращении боевых действий в Италии.

Чуть позже начались мирные переговоры. Австрия, оставшаяся без российской помощи, была готова к перемирию, однако из-за английских субсидий не могла окончательно прекратить войну.

В сентябре генерал Макдональд начинает новое наступление и занимает Швейцарию и Тироль, Мюрат идёт на Неаполь, Брюн наступает в Ломбардии. В начале декабря Моро разбивает эрцгерцога Иогана при Гогенлиндене, взяв 25 тысяч пленных. Война кончилась, Австрия просит о мире.

Воодушевлённый Бонапарт шлёт царю секретный план с предложениями о разделе Турции (Византия - России, Ближний Восток - Франции) и о совместных боевых действиях в Индии. Черноморский флот и наземные части возвращаются в Россию, Балтийский флот удерживается Англией до выяснения отношений.

9 февраля 1801 года в Люнневиле, в 30 километрах от Нанси, брат первого консула Жером Бонапарт подписывает с австрийцами мирный договор. Австрия уступает Бельгию, германские княжества по правобережью Рейна, и признаёт независимость Цизальпинской республики (первый шаг к независимости Италии). Ионические острова остаются под протекторатом России. Испания возвращает Франции Луизиану и урегулирует пограничный конфликт с Россией в Калифорнии.

Чуть позже, сверх договора Бонапарт аннексирует дважды завоёванный им Пьемонт, что инициирует возникновение третьей антифранцузской коалиции, под предводительством уже нового царя Александра I, а пока в России спешно амнистированный и освобождённый из Алексеевского равелина атаман Платов, выступает в поход через Оренбург на Индию.