Среди них были письма по негритянскому вопросу (хотя сам он еще владел рабами), о религии (он выступал за свободу вероисповедания, во имя которой на протяжении всей жизни настаивал на отделении от церкви и государства), по проблеме индейцев. В одном из писем, обращенных к делаварам, могиканам и мунриэс, он писал в 1808 г.: "Вы смешаетесь с нами, ваша кровь будет течь в наших жилах и вместе с нами распространится по этому великому острову" 2 - совершенно чудовищная, невероятная мысль для его времени, если учесть, что он говорил об этом отнюдь не в аллегорическом смысле. И все это в еще совершенно девственной стране, где было невозможно найти хотя бы одну-единственную приличную дорогу. В стране, большинство жителей которой ютилось в бревенчатых хижинах, носило мокасины и енотовые шапки, одежду из домотканой материи и было совершенно неграмотно!

На склоне лет Джефферсон столкнулся с финансовыми трудностями. Ему пришлось расстаться с библиотекой, которую он продал за 23 тыс. долл. конгрессу. Она составила основу Библиотеки конгресса, являющейся сегодня одним из крупнейших книгохранилищ мира. Но этим дело не ограничилось. Опасность нависла над Монтичелло. Тогда в штатах стихийно начался сбор денежных средств, и таким образом благодаря добровольным пожертвованиям граждан удалось сохранить для великого старца его любимое поместье.

Он увенчал свою деятельность основанием Виргинского университета. Джефферсон открыл университет, когда ему исполнилось 82 года. Он сам набросал текст собственного надгробия: "Здесь похоронен Томас Джефферсон, автор американской Декларации независимости, Виргинского статута о свободе вероисповеданий, отец Виргинского университета". Он скончался 4 июля 1826 г. в тот самый день, в который за пятьдесят лет до этого была провозглашена составленная им Декларация независимости и который является национальным праздником народа США.

В начале 80-х годов XVIII в. в результате возникших разногласий Джефферсон вынужден был оставить пост губернатора Виргинии и временно отойти от политических дел.