Для избрания нового патриарха составлен был чин, по которому оно должно было совершиться. В чине говорилось, что благочестивый царь, не желая видеть Церковь как бы вдовствующею, разослал грамоты во все концы своего государства, ко всем святителям и, извещая их о смерти патриарха Иосифа, приглашал их собраться в Москву для избрания нового верховного пастыря и что вследствие этого в Москву прибыли четыре митрополита: Новгородский Никон, Казанский Корнилий, Ростовский Варлаам, Сарский Серапион и три архиепископа: Вологодский Маркелл, Суздальский Серапион и Рязанский Мисаил со множеством архимандритов, игуменов, протоиереев и священников, а прочие архиереи, которые почему-либо не могли прийти, прислали священному Собору повольные грамоты о своем согласии. Собравшимся святителям царь приказал «ко избранию на патриаршеский престол написати двенадцать мужей духовных». Святители исполнили волю царя и, написавши, «прислаша к нему имена 12 духовных мужей». Июля в 22-й день послал царь своего боярина Василия Васильевича Бутурлина да думного дьяка Волошенинова сказать святителям и всему Собору, чтобы они из тех 12 мужей избрали одного достойнейшего быть патриархом, «мужа благоговейного и преподобного», и потом пришли в Золотую палату известить о том государю. Святители со всем Собором исполнили и эту царскую волю, и когда пришли в Золотую палату, то Казанский митрополит Корнилий возвестил государю от лица всех, что они из 12 духовных мужей избрали на патриарший престол Никона, митрополита Новгородского, а затем предложил государю идти «для такова великого дела» в соборную церковь и помолиться, чтобы Господь Бог по предстательству Пресвятой Богородицы и святых чудотворцев Московских «то великое дело совершил». Государь велел вперед идти в соборную церковь святителям с прочим духовенством и, переговорив с своими боярами об избрании патриарха, пошел туда и сам.