Адмиралом был назначен Кабрал. Эта эскадра, ушедшая в море 9 марта 1500 года, вначале слишком отклонилась на запад, достигла берегов современной Бразилии и присоединила эту территорию, названную Землей святого креста, к владениям португальской короны. Повернув на восток, Кабрал пошел в Индию. Во время бури у мыса Доброй Надежды португальцы потеряли четыре корабля. На одном из них погиб все еще находившийся в опале Бартоломеу Диаш, назначенный комендантом еще не завоеванных золотых приисков в Софале.

13 сентября эскадра была в Каликуте. Однако здесь не обошлось без неприятностей. Васко да Гама был жесток, но, когда нужно, осторожен. Кабрал этими способностями не обладал. Ими не обладали и прибывшие с эскадрой в Индию монахи и купцы, вообразившие себя под защитой корабельных пушек хозяевами Каликута, наставниками в истинной вере и диктаторами на рынках. Сам Кабрал занялся мелким разбоем и гонялся за мавританскими кораблями прямо в бухте Каликута.

Португальские купцы требовали, чтобы им отдавали все лучшие товары рынка, и старались вообще не допускать к торговле мусульманских купцов. Тогда в городе произошло восстание, и пятьдесят португальцев — все, кто находился на рынке и охранял лавки, — были перебиты.

Кабрал тут же принял ответные меры. Он сжег и потопил не только все мусульманские, но и все индусские корабли в бухте Каликута, а затем обстрелял сам город. Каликут был охвачен пожаром. После этого Кабрал отплыл в Кочин, правитель которого враждовал с каликутским заморином, и устроил там факторию. В Лиссабон эскадра вернулась в июле 1501 года.

Встреча была далеко не такой радостной, как рассчитывал Кабрал. Он потерял в пути половину кораблей, допустил гибель пятидесяти португальцев. Экспедиции в Индию должны были быть прибыльными, Кабрал же особых богатств не привез. И поэтому следующей эскадрой вновь командует Васко да Гама.

Васко да Гама уходил в новое плавание адмиралом Индии с наследственной ежегодной пенсией в триста тысяч рейсов.