Не так гладко, как хотелось бы португальцам, шли поначалу их дела и при следующем вице-короле — д'Альбукерки, который после захвата ряда арабских крепостей на берегах Аравийского моря по настоянию маршала Португалии Фернана де Коутиньо, специального посланника короля Маноэля, предпринял новую акцию против Каликута. Маршал Португалии, второй человек в королевстве, желал обязательно войти во дворец заморина с хлыстом в руке. Существование непокоренного Каликута было вызовом португальскому могуществу.

Португальцы высадили на берег сильный десант и после упорного боя пробились во дворец. Де Коутиньо, верный своему обету, не выпускал из руки хлыста. Но когда португальцы бросились к сундукам и в подвалы, воины заморина окружили дворец и перебили всех португальцев, в том числе и маршала. Д'Альбукерки бросился спасать вельможу, но сам был тяжело ранен. Каликут остался независимым.

Д'Альбукерки искал для португальцев в Индии надежную базу. Такой ему показался Гоа. Со второй попытки португальцы захватили город и перебили всех мусульман без различия пола и возраста. Превращенный в неприступную крепость, Гоа стал столицей португальских владений на Востоке.

В 1511 году д'Альбукерки захватил Малакку и тем самым замкнул на востоке цепь португальских крепостей в Индийском океане. На западе в 1514 году был захвачен Ормуз у входа в Персидский залив. Таким образом, всего через пятнадцать лет после возвращения Вас-ко да Гамы из первого путешествия Португалия стала хозяйкой Индийского океана. При д'Альбукерки она достигла вершины своего могущества. И хотя в последующие годы португальцы отыщут пути к Китаю и Японии и завладеют Молуккскими островами (теми Островами пряностей, к которым они так стремились), вся дальнейшая история их колониальной империи — медленное умирание.