Рассчитывали, что королева отдаст ему один из своих кораблей. Но королева не захотела столь открыто связывать свое имя с «торговой поездкой в Александрию», которая могла закончиться совсем не у берегов Африки. Тогда пайщики приобрели новый восьмидесятитонный корабль «Елизавета». Дрейк снарядил «Пеликана», к тому же ему были приданы маленькая «Мэриголд» и два небольших вспомогательных судна, которые следовало потопить после того, как припасы, погруженные на них, будут использованы экспедицией. Наконец, предусмотрительный Дрейк приказал положить в трюмы кораблей в разобранном виде четыре быстрых бота. Пушки тоже до поры до времени покоились в трюмах. Питание и одежда моряков были заготовлены Дрейком тщательнее, чем обычно. Помимо сухарей и солонины — основы морского рациона — были взяты такие продукты, как чернослив, мед и сыр.

Весной 1577 года, когда приготовления к путешествию были в разгаре, адмирал (в действительности Дрейк еще не был адмиралом, просто так обычно именовали старшего из капитанов эскадры) вдруг исчез из Англии. Мало кто знал, что эти несколько недель он провел в Португалии, где встретился с крупнейшими картографами и штурманами того времени. Ему надо было раздобыть сведения из секретных лоцманских карт португальцев и испанцев и проверить, правда ли, что в Магеллановом проливе существует сильное течение, которое позволяет кораблям проходить из Атлантического океана в Тихий, но вернуться тем же проливом не дает.

Тайных лоцманских карт, связанных с путями через Тихий океан, Дрейку в Португалии достать не удалось, зато он смог встретиться со знаменитым картографом Дураде и приобрести у него новейшую и подробную карту. Достал он и общее руководство для португальских лоцманов, однако о Магеллановом проливе сведения в руководстве были краткими и ненадежными — ведь уже несколько десятилетий никто этим проливом не проходил.

Когда Дрейк вернулся из Португалии, подготовка к плаванию заканчивалась.