20 июля 1578 года увидели знак, оставленный Магелланом на том месте, где он подавил бунт и расправился с недовольными, неподалеку нашли человеческие кости. Дрейк также объявил, что раскрыл заговор, однако до сих пор никто не знает, существовал ли заговор на самом деле, или Дрейк счел нужным его изобрести, чтобы припугнуть недовольных. Друг Дрейка, Доути, обвиненный в измене, был обезглавлен тут же на берегу. Историки спорят, в чем же была вина Доути, вспоминают трогательные детали суда и казни, когда Дрейк и Доути, преклонив колена, получили отпущение грехов, обнялись и Доути отдал себя в руки палача. Дрейк надеялся, что теперь никто из капитанов не посмеет вести себя самостоятельно. Будущее показало, что он ошибался.

20 августа показался вход в Магелланов пролив, и корабли осторожно поползли меж мрачных, извилистых берегов. Дрейк искал могучее течение, увлекающее корабли из Атлантического океана в Тихий. Течения не было: оно было придумано испанцами, чтобы отпугнуть конкурентов.

«Мы видели огни, выходящие из земли, и птиц, которые не умеют летать», — записывал в своем дневнике прижившийся на «Золотой лани» да Силва. Этот дневник, как и воспоминания другого участника путешествия, Флетчера, служит основным источником сведений об экспедиции Дрейка. Сам Дрейк в отличие от многих знаменитых пиратов и путешественников ничего о своих приключениях не написал.

Посреди Магелланова пролива Дрейк приказал пристать к берегу, срубить дерево и положить его в трюм, чтобы привезти королеве Англии как доказательство того, что он прошел пролив. Затем Дрейк высадился на один из островов в проливе и объявил его собственностью королевы.

7 сентября 1578 года первые английские корабли прошли Магелланов пролив, и сейчас же для Дрейка и его спутников начались суровые испытания. Через два дня после того, как корабли вышли в Тихий океан, налетела буря. Три недели корабли несло на юг. Сквозь туман и струи ливня Дрейк увидел скалы — возможно, мыс Горн, но так до конца дней и не узнал, что был близ южной оконечности материка.