С тех пор споры и «недоумения» по поводу причин введения, целей, времени окончания опричнины, а также вызванных ею последствий не стихают на протяжении четырёх с лишним веков, а это явление остаётся одним из самых малопонятных институтов России XVI века. «Несмотря на все умозрительные изъяснения, характер Иоанна, героя добродетели в юности, неистового кровопийцы в летах мужества и старости, есть для ума загадка», — писал в своё время Николай Михайлович Карамзин. Государственный историограф и талантливый писатель утешал себя и читателей тем, что «между иными тяжкими опытами судьбы, сверх бедствий удельной системы, сверх ига моголов, Россия должна была испытать и грозу самодержца-мучителя: устояла с любовию к самодержавию, ибо верила, что Бог посылает и язву, и землетрясение, и тиранов; не преломила железного скиптра в руках Иоанновых и двадцать четыре года сносила губителя, вооружаясь единственно молитвою и терпением, чтобы, в лучшие времена, иметь Петра Великого, Екатерину Вторую (история не любит именовать живых)».
Более рационально мыслящим историкам пришлось труднее. Использованные нами в качестве эпиграфа слова Василия Осиповича Ключевского о странности опричнины для её современников и исследователей в полной мере характеризуют и его собственное отношение к ней. Другой исследователь русского Средневековья, академик Степан Борисович Веселовский, был настроен ещё более скептически: «Созревание исторической науки подвигается так медленно, что может поколебать нашу веру в силу человеческого разума вообще, а не только в вопросе о царе Иване и его времени».