Иван Васильевич обвинил московскую элиту — высшую знать, приказную администрацию — и рядовых членов «государева двора», детей боярских, в тяжких преступлениях: расхищении казны, присвоении казённых земель и прямой измене — уклонении от военной службы. Потому он, законный и природный монарх, вынужденно «оставил свое государство и поехал, где вселитися, идеже его, государя, Бог наставит». Говоря современным языком, «государь царь и великий князь всеа Русии» подал в отставку с поста главы страны, предоставив неверных подданных собственной судьбе. Эта, конечно, не самая рядовая, но приемлемая для новейших времён ситуация (можно вспомнить хотя бы новогодний уход с президентского поста Бориса Ельцина) была совершенно немыслима для московитов XVI века, отчего и повергла их в «велице недоумение».

Работа правительственного аппарата остановилась: «…Все приказные люди приказы государьские отставиша и град оставиша никим же брегом» (не оберегаемым). Москвичи, от бояр и до «множества народа», приходили к митрополиту и «от много захлипания слезного» с плачем говорили: «Увы, горе, како согрешихом перед Богом и прогневахом государя своего многими пред ними согрешении… ныне х кому прибегнем, и кто нас помилует, и кто нас избавит от нахождения иноплеменных? Како могут быть овцы без пастыря?.. Так же и нам как быть без государя? И иная многая словеса подобная сих изрекоша ко Афонасию митрополиту». Растерявшиеся жители умоляли владыку быть ходатаем перед государем, чтобы он «гнев свой отовратил, милость показал и опалу свою отдал, а государьства своего не оставлял и своими государьствы владел и правил, яко же годно ему, государю».

Но и впечатлительному царю тревожное ожидание развития событий далось в слободе нелегко. Немцы-опричники Иоганн Таубе и Элерт Крузе рассказывали, что вернулся он в столицу неузнаваемо изменившимся: «…у него не сохранилось совершенно волос на голове и в бороде, которые сожрала и уничтожила его злоба и тиранская душа».