Согласно проекту E6Y1 должен был стартовать с помощью пневматической катапульты, расположенной за ангарами в кормовой части лодки. Разработка катапульты Kure type 1, mod.3, позволявшей запускать самолеты массой до 2 т, задерживалась, и ее установили на лодке только в конце 1933 года, так что до этого времени ее бортовой разведчик стартовал с воды.

В проект следующей авианесущей крейсерской лодки I-6 (этот тип лодки получил обозначение J-2) были внесены дальнейшие изменения — увеличена мощность дизелей (соответственно, повысилась и скорость надводного хода), автономность плавания благодаря увеличению запасов пресной воды и провизии была доведена до 90 суток, но артиллерийское вооружение стало слабее— всего одно 127-мм орудие. Подверглось модернизации и оборудование для хранения самолетов — контейнеры перенесли за ограждение рубки, их оснастили гидравлическими приводами, благодаря которым они поднимались над палубой из походного (полуутопленного) положения. Такая конструкция, при которой заливание ангаров водой исключалось, позволяла собирать самолет практически при любом состоянии моря.

Была заменена катапульта — мощность той, что устанавливалась на лодке I-5, сочли избыточной, поэтому для I-6 разработали катапульту Kure type 1, mod.4, рассчитанную на запуск самолетов меньшей массы — до 1600 кг.

Подводная лодка I-6 была заложена на верфи в городе Кобе в 1932 году и введена в строй в 1935 году. По мнению Морского генерального штаба, i-5 и i-6 имели недостаточно большую дальность плавания в надводном положении и автономность. Артиллерийское вооружение i-6 было признано слишком слабым, к тому же на обеих лодках было очень сложно вести прицельный артиллерийский огонь из-за сильных вибраций корпуса при работе дизелей (их амортизация была недостаточной).