В 1905 году во время студенческих волнений Тарле был тяжело ранен. Это событие вызвало большой общественный резонанс и даже было запечатлено на двух почтовых открытках, выпущенных многотысячным тиражом. В 1913 году в Петербургском университете он защитил докторскую диссертацию, в которой обобщил результаты своих многолетних изысканий во французских архивах. В день его защиты в университет были введены два наряда полиции для предотвращения возможных студенческих беспорядков.

Докторская степень и сложившаяся к тому времени международная научная известность Тарле не укрепили его положения в Петербургском университете, и он оставался в нем в звании приват-доцента (профессорское звание в Петербургском университете он получил только в 1917 г.). Поэтому в 1913 году он принял назначение в Юрьевский университет (Тарту) на должность сначала экстраординарного, а затем ординарного профессора.

В том же 1913-м Тарле представлял русских ученых на Первом всемирном конгрессе историков в Лондоне. К этому времени уже были напечатаны такие книги Тарле, как «Общественные воззрения Томаса Мора…», «Очерки и характеристики из истории европейского общественного движения в XIX веке», «Падение абсолютизма в Западной Европе», «Рабочий класс во Франции в эпоху революций», «Континентальная блокада», появились и первые переводы его книг во Франции и Германии. Любопытно, что уже тогда некоторые произведения Тарле выходили… без ведома автора, как это произошло с «Очерком развития философии истории» (СПб., 1908) — изданием, источником которого были стенограммы его лекций.

Свою работу в Юрьевском университете Тарле совмещал с чтением лекций в Петербургском университете и других столичных учебных заведениях, и поэтому его постоянным местом жительства оставался Петербург. В Юрьеве же он бывал наездами, читая оговоренные курсы.