При этом многие целевые программы продолжают финансироваться остаточным методом (некоторые наполовину и меньше), что несовместимо с принципами программно-целевого подхода и требованиями к эффективности бюджетных расходов. Особенно ярко это проявляется в неудовлетворительном исполнении федеральной адресной инвестиционной программы, по итогам исполнения которой из 1413 запланированных к вводу объектов введены в эксплуатацию лишь 249.

Слабостью программно-целевой составляющей федерального бюджета является низкая доля расходов на НИОКР в целевых программах, которая составляет не более четверти. В целом расходы на НИОКР остаются на недопустимо низком для перехода на инновационный путь развития уровне — около 1 % ВВП по сравнению с ориентацией передовых стран на переход к уровню 3–4 % ВВП. При этом бюджетом запланировано снижение уровня расходов на науку гражданского назначения, который понизится к 2013 году до 0,36 %, что еще более усугубляет проблему повышения уровня инновационной активности.

Самым негативным образом на перспективах развития российской экономики скажется возобновление сооружения финансовой пирамиды государственных обязательств. К концу 2013 года планируется двукратное увеличение государственного долга до уровня 18 % ВВП с соответствующим ростом расходов на его обслуживание. Последние превысят в 2013 году 600 млрд рублей по сравнению с 519 млрд рублей на образование или 433 млрд рублей на здравоохранение. Государственные займы планируется брать посредством эмиссии облигаций с доходностью от 4,5 % по краткосрочным до 8,5 % по долгосрочным обязательствам. При этом около трети занимаемых за счет этого средств государство планирует направлять на погашение задолженности по ранее выпущенным облигациям. Это указывает на наличие пирамидальной составляющей в эскалации расходов по обслуживанию и погашению государственных облигаций, создающей угрозу повторения дефолтов в будущем.