Но это предупреждение осталось, как говорится, "гласом вопиющего в пустыне", и корабль вышел в свое последнее плавание. "Аталанта" обогнула Испанию, подошла к Золотому берегу в Африке, потом пересекла Атлантику, посетила остров Барбадос, зашла в Галифакс, потом спустилась к югу и 13 января 1880 г. от Бермудских островов взяла курс к родным берегам. Однако в Англию фрегат не вернулся. Через два с половиной месяца британское Адмиралтейство высказало опасение, что во время шторма "Аталанта" потеряла мачты.

Резиденцию Адмиралтейства многие дни осаждали родственники исчезнувших в океане 290 кадетов. Наконец под давлением общественного мнения "морские лорды" отдали распоряжение о поисках пропавшего корабля. 5 мая в Атлантический океан вышла эскадра английских военных кораблей под командованием контр-адмирала Худа, которой предстояло "прочесать" район от юго-западного побережья Ирландии до Азорских островов.

Недельные поиски в Атлантике ни к чему не привели, эскадра возвратилась в Портсмут, а в английских газетах появилось объявление Адмиралтейства: "За сведения, проливающие свет на судьбу учебного фрегата "Аталанта", будет выдана награда в 300 гиней".

За ней пришли осенью 1880 г. Ее получил американский капитан рыбопромыслового судна из Массачусетса Эдвард Миллет. 14 июня того же года он, находясь в одной миле от Рокпорта, выловил сетью бутылку с запиской следующего содержания: "17 апреля 1880 года. Учебный корабль "Аталанта". Мы тонем в точке с координатами 27° северной широты и 32° западной долготы. Любой, кто найдет эту записку, пусть опубликует ее в газетах. Джон Л. Хатчингс". После подписи было добавлено слово "бедствие".

В конце июня 1880 г. Нептун доставил людям еще одно сообщение о судьбе "Аталанты". Дети, играя на пляже недалеко от Галифакса, извлекли из песка доску от бочки с надписью, сделанной свинцовым грифелем: ""Аталанта" тонет. 17 апреля 1880 года. Надежды нет. Пошлите это госпоже Мери Уайт в графстве Сассекс. Джеймс Уайт". Таким образом, факт о гибели злополучного фрегата был вторично подтвержден.