Борьба народных масс против феодального гнета часто принимала религиозную оболочку, выступая в виде разных ересей. Восставая против феодальной эксплуатации, массы боролись и против церкви, так как церковь оправдывала и защищала этот гнет, освящала феодальный строй божественным авторитетом. По словам Ф. Энгельса, церковь занимала положение «наиболее общего синтеза и наиболее общей санкции существующего феодального строя. Ясно, что при этих условиях все выраженные в общей форме нападки на феодализм и прежде всего нападки на церковь, все социальные и политические революционные доктрины должны были по преимуществу представлять из себя одновременно и богословские ереси»6. Против антифеодальных движений, принимавших религиозную оболочку, и направлен был прежде всего «духовный меч», соединявшийся с мечом светским. Светская власть также использовала инквизицию для борьбы с еретическим движением, ибо еретики, как отметил Ф. Энгельс, «были столь же опасными врагами монархии в государстве, как и папства, и церкви»7. Наказание еретиков сожжением на костре было введено в светское законодательство многих стран уже в XII-XIII ее. Для оправдания этого обычно ссылались на «божественные» законы.
Инквизиция очень скоро распространила свои органы во многих европейских странах, где церковь благодаря инквизиции превратилась в самое страшное орудие абсолютизма. Она применяла такие меры устрашения, как сыск, доносы, конфискация имущества, пытки, сожжение на костре. Расследованием дел инквизиция обычно не занималась, установленного процесса судопроизводства у нее не было. Инквизиция сама определяла сущность преступления против веры, сама выносила приговоры, а затем передавала обвиняемых светской власти для приведения приговоров в исполнение. Из всех видов наказания инквизиция предпочитала смертную казнь.