Так, известный церковный историк М. И. Горчаков в статье «Инквизиция в восточной церкви», полемизируя с Вл. Соловьевым, доказывал, будто инквизиционный процесс считался главным каноническим средством борьбы с ее врагами и не заменялся другими видами судопроизводства лишь в католической церкви, в древних же «правилах» православной церкви нет якобы сведёний об особом трибунале, занимавшемся преследованием и осуждёнием еретиков¹.

Институт инквизиции в России отрицал и другой церковный историк, Н. И. Барсов. В книге «Существовала ли в России инквизиция?» (1892 г.) он утверждал, что созданные при Петре I Приказ протоинквизиторских дел и другие церковные учреждения носили совершенно невинный характер: они лишь наблюдали за деятельностью епископов и церковных организаций, а их выступления против еретиков и других врагов церкви носили случайный и непоследовательный характер².

Споры о том, была ли в России инквизиция, на этом, собственно, и закончились. Инквизиционные порядки в монастырских тюрьмах и других церковных организациях освещались и в некоторых других работах, но эти работы либо запрещались, либо замалчивались. Так, в 1898 г. В. Г. Короленко в статье «Об инквизиции», предназначенной для журнала «Русское богатство», говоря об изуверстве и религиозном фанатизме, разжигавшемся церковными инквизиторами - католиками в г. Ковно, пытался разоблачить деятельность и православных инквизиторов в царской России. Однако статья эта была запрещёна цензурой³.

Лишь в годы первой русской революции прогрессивному историку и общественному деятелю А. С. Пругавину удалось познакомить русское общество с инквизиционной деятельностью монастырских застенков⁴. Его работы, основанные на архивных материалах, вызвали в обществе широкий отклик. Журналы того времени писали, что со страниц его книг «веет ужасами инквизиции» и если инквизиция отошла уже в область преданий, то монастырские тюрьмы представляют современное зло и даже в XX в. сохранили специфические черты человеконенавистничества и жестокости.