Цель объединения министерства просвещения с духовным ведомством заключалась, как сказано в царском манифесте, в том, «дабы христианское благочестие было всегда основанием истинного просвещения»2. Программа нового министерства была чётко выражена в инструкции Учёному комитету: «народное воспитание, основу и залог благосостояния… направить… к водворению постоянного и спасительного согласия между верой, ведением и властью, или, другими словами, между христианским благочестием, просвещением умов и существованием гражданским»3. Объявив, что научное знание нужно подчинить религии, правительство потребовало от учёных отказаться от свободы научного исследования.
Новое министерство с Голицыным во главе широко развернуло религиозно-мистическую пропаганду, оно стремилось положить религиозные принципы в основу всей системы воспитания и образования. Один из реакционных деятелей нового «министерства затемнения», директор департамента В. M. Попов, неуч и крайний мистик, был охарактеризован известным сатириком А. Ф. Воейковым в его произведении «Дом сумасшедших» так:
Хоть без книжного учения И псалтырь одну читал, А директор просвещения И с звездою генерал4.
Поддержкой правительства пользовалось только реакционно-монархическое и клерикальное направление. Школа рассматривалась как место подготовки покорных слуг самодержавия и крепостничества, науку стремились подчинить религии. Министров и попечителей подбирали из числа наиболее реакционных сановников, профессоров и генералов.
Программу помещиков-крепостников в деле народного образования выразил министр народного просвещения в адмиральском мундире Шишков. Он считал, что все младшее поколение литераторов, начиная с Карамзина, безбожно и во всех отношениях вредно. Как говорили современники, у Шишкова был такой девиз: «слепо веруй и ничего не знай, ничего не понимай, ни о чем не рассуждай». В речи, произнесённой перед работниками министерства, с одобрения присутствовавшего при этом Александра I, Шишков заявил: «Науки полезны только тогда, когда, как соль, употребляются в меру, смотря по состоянию людей и по надобности. Обучить грамоте весь народ или несоразмерное числу оного количество людей принесло бы больше вреда, нежели пользы»5.