После смерти Ёритомо реальная власть отнюдь не возвратилась к императору, а продолжала оставаться в руках клана Ходзё, родственного императрице. В 1205 г. был основан институт регентства, в соответствии с которым император оставался не более чем номинальным правителем Японии, подчинённым самурайскому клану. Эти события позволили ряду исследователей заметить, что сформировался особый, непрямой, скрытый тип правления, оказавшийся весьма характерным для Японии, например, когда император, уходя в монахи, продолжал активно управлять страной [144].
Воинскому мастерству нового объединённого самурайства и его боевому духу, как никогда сильному в период Камакура, суждено было подвергнуться серьёзному испытанию, которое японские воины с честью выдержали. Этим испытанием стали в 1281 г. походы монголов, которые после успешного завоевания Китая и воцарения там монгольской династии Юань решили захватить и Японские острова. На операцию были брошены силы двух армий. Первая в составе почти 50 тыс. монгольских и корейских воинов должна была переправиться из Кореи, другая в 100 тыс. китайцев двинулась с территории Южного Китая. Таким образом Япония должна была оказаться в клещах. Сначала операции сопутствовал успех, армии удачно высадились в заливе Хаката на острове Кюсю, без труда сломив не очень упорное сопротивление японцев. Но дальше положение удивительным образом начало меняться.
Используя лазутчиков-синоби (т. е. ниндзя), японские войска оказались в курсе практически всех планов захватчиков.