В результате в XVII веке снова начались кровопролитные и изнурительные войны католиков с протестантами («Тридцатилетняя война» 1618–1638 гг., Английская революция Кромвеля и реставрация Стюартов 1642–1660 гг.), суннитов с шиитами (закончилась взятием султаном Мурадом IV Багдада в 1638 г. и размежеванием с Ираном), мусульман с католиками (закончилась уходом турок из Вены в 1683 г.) и т. д.

И одной из двух мощнейших движущих сил этого процесса (помимо становления национальных государств) была борьба за верховенство между двумя системами власти, возникшими на осколках Единой империи — светской и религиозной. В итоге везде победила светская власть и образовались, по сути, самостоятельные национальные церкви (за исключением римско-католической).

Частью этого процесса была и гражданская война в России в 1648–1676 гг., включая противостояние «западников»-униатов и московской церкви («русско-польские» войны, закончившиеся Андрусовским перемирием 1667 г.). Эта война завершилась избиением староверов реформаторами-«никонианами» и образованием победившей партией русской православной церкви (РПЦ).

В традиционной православной историографии история Брестской унии сильно искажена. Убедительным свидетельством реального состояния религии того времени служит подлинное письмо крупнейшего русского просветителя, поэта, автора первого русского учебника грамматики Мелетия Смотрицкого (Максим Герасимович, 1577–1633) своему бывшему учителю, Константинопольскому патриарху Кириллу Лукарису, написанное в 1627 г., накануне своего окончательного перехода на униатские позиции (ВСЛ, стр. 106–114).