В итоге убежденность военных властей в наличии массового шпионажа со стороны евреев вынуждала контрразведывательные органы тратить львиную долю своего времени на детальную разработку почти каждого доноса о фактах разведывательной деятельности иудеев. По данным С. Гольдина, на начальном этапе войны евреи «фигурировали как обвиняемые или подозреваемые в 20–30 % дел, заведенных контрразведывательными отделами 2-й, 8-й, 10-й армий»

Отчасти такая ситуация стала возможной вследствие недостатков кадрового комплектования военно-контрольной службы. По свидетельству современников, в органы по борьбе со шпионажем принимались строевые офицеры и прапорщики, некоторые из которых «не имели никакого понятия ни о существе розыска, ни о технической его стороне»

Попадая под влияние предрассудков и стереотипов, такие сотрудники часто неадекватно воспринимали поставленные перед ними задачи по обеспечению безопасности войск и стратегических объектов. Страдало же от этого местное население, подозреваемое в таких тяжелых преступлениях, как измена и шпионаж, независимо от наличия или отсутствия доказательств, не говоря уже о фактической вине.

Из этого корня проистекали две главные проблемы военно-контрольной службы на начальном этапе войны. Во-первых, придание национального, и даже националистического, характера контршпионской работе. Поэтому, по словам историка Н. В. Грекова, аресты подозреваемых в шпионаже проводились не в соответствии с «наличием у контрразведки компрометирующих конкретное лицо сведений, а национальной принадлежностью» этих лиц.

Во-вторых, стремление контрразведчиков поставить знак равенства между изменой и германофильством

Главное управление Генерального штаба, разумеется, всячески боролось с подобными проявлениями непрофессионализма собственных армейских и тыловых сотрудников. В издаваемых инструкциях и приказах подчеркивалось, что данные списки должны составляться «с самым строгим разбором, дабы в них заключались только действительно неблагонадежные […] лица, о коих имеются более или менее обоснованные сведения, что они занимаются военным шпионством»