Статья 3 гласила, что «Специальными органами контрразведки служат: контрразведывательные отделения штабов армий, входящих в состав фронтов, штабов фронтов, штабов военных округов на театре военных действий, штабов отдельных армий, штабов внутренних военных округов вне театра военных действий и Главного управления Генерального штаба».

А в статье 33 декларировались следующие положения: «Контрразведка, всеми мерами стремясь к достижению общей цели, указанной в ст. 1. данного наставления, в частности должна: а) ограждать войска, штабы, управления и заведения, обслуживающие армию, от проникновения в них агентов противника; б) освещать по получении особых указаний генерал-квартирмейстера личный состав штабов, управлений, учреждений и заведений; в) заблаговременно обнаруживать готовящиеся забастовки на заводах и фабриках, изготавливающих необходимые для армии и флота предметы и материалы»

Кроме прочего, в «Наставлении» оговаривались вопросы полномочий, структурной подчиненности и форм делопроизводства КРО. Этот документ, несмотря на ряд недостатков, отмеченных такими исследователями, как В. Н. Венедиктов, А. С. Яковлев и А. А. Зданович * * *

Тем не менее ни «Наставление по контрразведки в военное время», ни «Инструкция наблюдательному агенту контрразведки», утвержденная 6 июня 1915 года не смогли искоренить изъяны КРО, впоследствии подмеченные директором Департамента полиции Р. Г. Молловым. Военно-контрольные органы оставались глубоко законспирированными учреждениями, что подтверждалось некоторыми положениями вышеупомянутой «Инструкции»: «Наблюдательный агент должен прибегать к личному задержанию подозреваемых, […] лишь в крайних случаях, поручая таковые при малейшей к тому возможности жандармским чинам или общей полиции, имея в виду, что задержание упоминаемых лиц самим агентом может обнаружить принадлежность последнего к контрразведке»