Одним из главных вдохновителей идеи создания этого документа был офицер штаба ЧФ капитан I ранга К. Ф. Кетлинский, то есть инициатива отказа от навязанного Морским Генеральным штабом «Положения» исходила «снизу». Подобное проявление сепаратизма на флоте могло быть логически обосновано только несоответствием местных условий борьбы со шпионажем провозглашаемым «сверху» принципам работы КРО, но ничего такого на Черном море не существовало. Поэтому сознательное дистанцирование южной контршпионской службы от разработанных в столице правил и инструкций в дальнейшем сыграло роковую роль. Однако обо всем по порядку.

Трактовка целей и задач флотской контрразведки в утвержденном М. Н. Алексеевым документе несколько отличалась от «Положения» разработанного Морским Генштабом: «Целью учреждения контрразведывательного отделения Штаба Черноморского флота является охранение Черноморского флота, военных портов, учреждений и заведений Морского Ведомства Черноморского побережья от иностранного соглядатайства»

Ни Севастопольское ГЖУ, ни агенты военно-морского контроля не смогли предотвратить гибель новейшего российского линкора «Императрица Мария». Несмотря на то, что не было найдено прямых доказательств непосредственного участия вражеских диверсантов в этой трагедии, среди матросов ходили слухи, будто «взрыв был произведен злоумышленниками с целью не только уничтожить корабль, но и убить командующего Черноморским флотом, который своими действиями за последнее время, а особенно тем, что разбросал мины у Босфора, окончательно прекратил разбойничьи набеги турецко-германских крейсеров на побережье Черного моря».

Слухи при этом имели под собой вполне реальную основу, так как предупреждения об интересе немцев к этому кораблю были направлены в МГШ еще в апреле 1915 года

Не меньшую роль сыграл и отказ от принятия на вооружение «Положения о морских КРО», обязывавшего контрразведчиков предотвращать диверсионные акты на флоте.