Согласно «Положению» 1911 года, руководство контрразведкой было возложено на особое делопроизводство при отделе генерал-квартирмейстера Главного управления Генерального штаба, а на местах — на штабы военных округов. Задачи нового ведомства состояли в «обнаружении, обследовании, разработке и ликвидации в кратчайший срок всякого рода шпионских организаций и агентов, тайно собирающих сведения о наших вооруженных силах и вообще всякого рода сведения военного характера, дабы воспрепятствовать этим организациям и агентам действовать нам во вред». Для исполнения этих функций из государственной казны ежегодно предполагалось выделять 583 500 рублей, то есть 27 % всех «секретных» расходов Военного министерства

Вместе с тем сторонникам «столыпинской» точки зрения все же удалось частично отстоять свои убеждения, поэтому начальниками новообразованных КРО стали назначать исключительно офицеров российской жандармерии

Впрочем, несмотря на это, численный состав контрразведывательных отделений все равно не выдерживал никакой критики. Например, штатная численность КРО штаба Иркутского военного округа составляла всего 12 сотрудников, причем в самом Иркутске контршпионажем занимались только 5 агентов, а остальные были весьма неравномерно разбросаны по территории Сибири, организуя агентурное наблюдение за 104 подозреваемыми в шпионаже лицами

Также к недостаткам принятых в 1911 году документов можно отнести и чрезмерную секретность военно-контрольной службы. Созданные на территории Российской империи одиннадцать КРО были очень сильно законспирированы, что жестко декларировалось «Инструкцией» их начальникам: «Необходимо принимать все меры, чтобы секретные агенты ни в каком случае не обнаруживали бы своего участия в работе контрразведки и никоим образом не выяснили своей роли на предварительном следствии и суде»