Руководил чисткой оппозиции в московской парторганизации. В 1934-1939 годах — заведует отделом руководящих партийных органов ЦК. В 1936 году провел массовую кампанию по проверке партийных документов, положившую начало смене Сталиным состава правящего слоя элиты, в результате которой смог сделать быструю карьеру, в частности, и Вознесенский. С 1939 года — член ЦК, начальник управления кадров и секретарь ЦК, член Оргбюро ЦК. В Великую Отечественную войну — член Госкомитета обороны. В феврале 1941 года стал кандидатом в члены Политбюро. Часто выезжал на фронт. В критические моменты брал ответственность на себя. Например, на Курской дуге принял решение нанести упреждающий артиллерийский удар по противнику, не связываясь со Сталиным.

В 1944 году Маленков возглавил комитет по восстановлению хозяйства на освобожденных от оккупации территориях и, пойдя на риск, распорядился использовать мощности военной промышленности для выпуска товаров народного потребления, без которых невозможно было наладить нормальную жизнь. Его обвинили в подрыве оборонной мощи, но Сталин поддержал его начинание.

Если сравнивать карьеру Маленкова с карьерой Вознесенского, то бросается в глаза более глубокая укорененность первого в центрально-аппаратной системе, более разветвленные связи в правящем слое и, как следствие, превосходящая мощь.

В мае 1944 года ко всем постам Маленкова добавляется должность заместителя председателя СНК, с марта 1946 года он член Политбюро (с 1952 — Президиума) ЦК.

Но после Победы Сталин провел новую кадровую зачистку, отняв значительную часть власти у ближайшего окружения. 19 марта 1946 года Маленков снят с поста заместителя председателя СНК, а с 6 мая 1946 года его лишают должности секретаря ЦК и начальника управления кадров и переводят председателем Комитета по специальной технике при Совете Министров СССР. Официальный повод: Маленков несет ответственность за выпуск некачественных самолетов во время войны.