Из слов Горсея можно заключить, что собор помимо формального постановления об избрании Федора обсуждал весьма широкий круг вопросов. По-видимому, его решения стали основой той широкой программы, которую власти осуществили по случаю коронации нового царя. Записка о коронации Горсея дает наглядное представление об этой программе. Прежде всего по всей стране была объявлена общая амнистия. «В итоге, — писал Д. Горсей, — многие князья и бояре знатного рода, находившиеся в опале при прежнем царе, и даже те, кто просидел в тюрьмах 20 лет, были освобождены и получили обратно свои поместья. Всем заключенным было объявлено прощение».

Наиболее многозначительным в рассказе Горсея было упоминание об освобождении давних «тюремных сидельцев». Несложный арифметический расчет подсказывает, что они оказались за решеткой в самом начале опричнины. Очевидно, амнистия была направлена на искоренение последствий репрессивной политики «двора». Самым важным положением майской амнистии был пункт о возвращении опальным «свободы и поместий». Опричные конфискации нанесли земской знати большой ущерб. После отставки Вельского и созыва собора земщина смогла настоять на возвращении отобранных земель. Кроме того, она добивалась гарантий против возобновления казней и опал. Согласно Горсею, в связи с амнистией власти объявили о запрещении судьям впредь подвергать дворян гонениям при отсутствии основательных доказательств их вины даже в случае самых тяжких преступлений, которые влекли за собой смертную казнь

Смена руководства привела к значительным переменам в составе приказного и особенно судейского аппарата. «…По всему государству, — писал Горсей, — были сменены неправосудные чиновники, судьи, воеводы и наместники и на их должности были назначены более честные люди, которым повелели под страхом строгого наказания прекратить лихоимство и взяточничество, существовавшие при прежнем царе, и отправлять правосудие без лицеприятия, а чтобы это было исполнено, им увеличили поместья и годовые оклады»