С давних времен Боярская дума служила представительным органом высшей аристократии. Поколебленный опричниной традиционный порядок возрождался на глазах. Прежде всего дума вернула себе ряд функций и привилегий, упраздненных опричниной. Власти восстановили высшую в думе боярскую должность — конюшего, упраздненную после казни конюшего И. П. Федорова в 1568 г. Важнейшей комиссией Боярской думы была «семибоярщина». Она ведала столицей и всем государством в отсутствие царя. В годы террора Грозный изгнал бояр из столичной комиссии и препоручил ее дворянам и приказным, а затем и вовсе упразднил. При Федоре «семибоярщина» возродилась в полном соответствии с доопричной практикой. По случаю отъезда царя в Троицу в 1585 г. управление столицей осуществляли бояре Ф. И. Мстиславский, Н. Р. Юрьев, С. В. Годунов, князья Н. Р. Трубецкой, И. М. Глинский, Б. И. Татев и Ф. М. Троекуров
Наряду с думными чинами знать получила из казны обширные земли и доходные места. Больше всех в торге из-за чинов и владений выиграли опекуны и их родня. В полной мере использовали выгоды своего положения Юрьевы — Романовы. Один только младший сын регента Н. Р. Юрьева Иван владел в 1613 г. 13 тыс. четвертей пашни в трех полях «старых вотчин». Романовым принадлежали на вотчинном праве городок Скопин, Романово городище в Лебядинском уезде и др.
Система кормлений была ликвидирована в процессе реформы местного управления еще в доопричный период. Кормления (наместничества) на основной территории постепенно заменялись воеводским управлением, означавшим более высокую степень централизации. На черносошном Севере отмена кормлений привела к утверждению системы выборных земских органов
Мероприятия, осуществленные властями в период после московского собора и коронации Федора, были призваны преодолеть наследие Грозного в политической жизни страны, но они вышли за рамки этой задачи. Земская и «дворовая» знать использовала нововведения, чтобы возродить полновластную Боярскую думу, вернуть ей прежние прерогативы, расширить свои земельные владения и частично восстановить кормление.