Начавшееся крушение «двора» едва не увлекло Годуновых в пропасть. В дни восстания народ требовал отставки не только Б. Я. Бельского, но и Б. Ф. Годунова. В конце мая 1584 г. английский посол писал, что Годунов не пользуется авторитетом в Москве

В свое время царь Иван, разгромив «заговор» князей Старицких, упразднил высшую боярскую должность конюшего. Но о ней вспомнили после смерти царевича Ивана. Толки подобного рода впервые подслушал в боярской среде пронырливый иезуит А. Поссевино, посетивший Москву в начале 1582 г. Ввиду возможной смерти бездетного Федора, записал он, царя крайне тревожит будущее династии, потому что в его роде уже никого не осталось и более 30 лет не занято место конюшего, на которого (как на конюшего) эта власть должна перейти. Приведенное сообщение итальянского дипломата не отличается вразумительностью. Им можно было бы пренебречь, если бы оно не имело одной поразительной аналогии в источниках московского происхождения. Известный знаток московских традиций Г. Котошихин писал о чине конюшего буквально то же самое, что и Поссевино: «А кто бывает конюшим, и тот первый боярин чином и честью, и, когда у царя после его смерти не останется наследия, кому быть царем, кроме того конюшего, иному царем быти некому, учинили бы его царем и без обирания»

Вопрос о кандидатуре на вакантную должность конюшего неизбежно должен был вызвать резкие столкновения в опекунском совете. В конце концов при поддержке Н. Р. Юрьева пост конюшего занял шурин царя Федора Борис Годунов. Это назначение, проведенное вопреки ясно выраженной воле Грозного, ввело бывшего «дворового» боярина Годунова в круг правителей государства

Несмотря на то что первые волнения в Москве улеглись, ситуация в столице оставалась крайне напряженной. С наступлением лета участились пожары.