Интрига боярской партии встревожила Бориса, и он решил нанести упреждающий удар. По его настоянию дума постановила провести ревизию казны. Проверка обнаружила большие хищения. Посольский приказ выступил за рубежом с заявлением, что Головины «покрали» царскую казну
Суд над Головиным послужил поводом к смене высшей приказной администрации. Правда, новые назначения носили совсем иной характер, нежели те, которые были проведены по случаю коронации. Тогда речь шла об изгнании бывших «дворовых» приказных. Теперь наблюдалось обратное явление. Изгнав земских казначеев из центрального финансового ведомства страны, Годунов постарался насадить туда своих старых соратников по «дворовой» службе. Пост главного казначея занял думный дворянин Д. И. Черемисинов, служивший некогда в опричнине, а затем на «дворовой» службе
Поздние летописи утверждали, что дело Головина было следствием прямого столкновения между Годуновым и знатью. В открытой вражде бояре будто бы «разделяхуся надвое: Борис Федорович Годунов з дядьями и з братьями, к нему же присташа и иные бояре, и дьяки, и думные и служивые многие люди; з другую же сторону князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские и Воротынские, и Головины и Колычевы, и иные служивые люди, и чернь московская»
Пострижение главы Боярской думы окружено многими легендами. В поздних и вовсе малодостоверных источниках XVII в. отразилось предание о том, что Мстиславский выступил против Бориса после долгих колебаний, поддавшись уговорам Шуйских, Воротынских, Головиных и других бояр. Старый регент будто бы замыслил призвать Годунова в свой дом на пир и там убить, однако правителя предупредили о его замысле, «он же нача изберегатися и невредим от них (бояр. — Р. С.) бысть»