Годунов прекрасно понимал, что кончина Федора приведет к мгновенному крушению его власти. В поисках выхода он вступил в переговоры с австрийским двором. В 1585 г. из Москвы в Прагу прибыл посол Лука Новосильцев с секретными инструкциями от Годунова и Щелкалова. По словам участника посольства Я. Заборовского, в Праге послы узнали о смертельной болезни царя Федора и прониклись уверенностью, что по возвращении в Москву не застанут его живым. В итоге пражских переговоров посол тайно договорился с австрийцами о том, что в случае смерти Федора вдова царица Ирина Годунова выйдет замуж за одного из братьев австрийского императора, который станет князем и коронованным царем московитов

Польское правительство, получив от Я. Заборовского секретную информацию, в апреле 1586 г. сделало запрос Боярской думе, правда ли, что «бояре посылали к цесареву брату». Демарш польского посла поставил инициаторов интриги в трудное положение. Они поспешили опровергнуть информацию о затеянном ими сватовстве и объявили «злодейскими» и «изменническими» любые толки о пражских переговорах: «И мы то ставим в великое удивление, што такие слова злодейские нехто затеял, злодей и изменник»

Множество косвенных признаков указывало на то, что власть правителя пошатнулась. 30 ноября 1585 г. Годунов неожиданно пожертвовал тысячу рублей в Троице-Сергиев монастырь

Расходные книги кремлевского Чудова монастыря сохранили запись о том, что 14 мая 1586 г. монахи закупали военные припасы «для осадного времени»

Из разъяснений дипломатов следует, что выступления «мужиков», т. е. московского посадского населения, вынудили правительство ввести в столице осадное положение. В повестях и летописях XVII в. московские волнения получили тенденциозное освещение. «Повесть како отомсти» сообщает, что «всенародному собранию московских людей множеству» стало известно об умышлении Бориса на Шуйских, после чего народ решил побить Бориса и весь его род камнями