После падения А. Ф. Нагого и Б. Я. Вельского из Кремлевского дворца один за другим исчезали думные дворяне. Дольше других в думе оставался бывший воспитатель царевича Федора М. А. Безнин. Именно он выходил к восставшему народу в дни апрельских волнений в Москве. Популярность Безнина в столице объяснялась прежде всего его военными заслугами. В конце Ливонской войны он разгромил войска курляндского герцога, помешав им принять участие в осаде Пскова. Через несколько месяцев после коронации Федора он нанес поражение крымским татарам под Калугой

Крупнейшим деятелем опричнины был думный дворянин и печатник Р. В. Алферьев. Он был удален из Москвы еще раньше, чем его двоюродный брат М. А. Безнин. 20 июля 1585 г. состоялся приговор о его назначении вторым воеводой в пограничную крепость Ладогу. Алферьев пробыл там неполный год, после чего получил разрешение вернуться в столицу. Но в Москве он немедленно подвергся местническим наскокам. Ф. Лошаков-Колычев затеял с ним тяжбу и выиграл дело благодаря тому, что боярский суд возглавлял в то время боярин И. П. Шуйский. С этого момента Р. В. Алферьев окончательно выбыл из высшей правительственной иерархии

Земская оппозиция не прочь была расправиться с бывшими опричниками. Но Годунов не допустил разгрома «двора». Санкции против «дворовых» людей носили сравнительно мягкий характер. Б. Я. Вельский попал на воеводство в Нижний Новгород и сохранил думный чин оружничего. Современники утверждали, что опальный пребывал «во обилии тамо и покои мнози»

Начало полной реорганизации «двора» положили два правительственных распоряжения. Первое касалось наделения дворян подмосковными поместьями. Второе привело к составлению списка, определившего персональный состав двора царя Федора. Правительство Годунова и Щелкалова пошло по стопам правительства Адашева, предпринявшего реформу «двора» в середине столетия.