После гибели старшего сына Грозный назначил своим преемником царевича Федора. Царь не питал иллюзий насчет способностей Федора к управлению и вверил слабоумного сына и семью попечению думных людей, имена которых он назвал в своем завещании. Он поступил так, как поступали московские князья, оставляя трон малолетним наследникам. Считают обычно, что в состав опекунского совета вошли два члена ближней, «дворовой» думы — Б. Я. Вельский и Б. Ф. Годунов. Критический разбор источников обнаруживает ошибочность такого мнения.

Через несколько месяцев после кончины Грозного его лейб-медик послал в Польшу сообщение о том, что царь назначил четырех правителей (Н. Р. Юрьева, И. Ф. Мстиславского и др.)

Одна из ранних русских повестей начала XVII в. называет в качестве правителей, назначенных царем Иваном, князя И. П. Шуйского, князя И. Ф. Мстиславского и Н. Р. Юрьева

Прямой ответ на поставленный вопрос дает записка австрийского посла Н. Варкоча, составленная им в конце 80-х годов. Выполняя специальное поручение австрийского двора, посол потратил много времени на то, чтобы получить в Москве достоверные сведения о завещании Грозного Н. Варкоч писал в донесении: «Покойный великий князь Иван Васильевич перед кончиной составил духовное завещание, в котором назначил некоторых господ своими душеприказчиками и исполнителями своей воли. Но в означенном завещании он ни словом не упомянул Бориса Федоровича Годунова, родного брата нынешней великой княгини, и не назначил ему никакой должности, что того очень задело в душе». Неофициальная Псковская летопись подтверждает эти сведения. По словам ее автора, Годунов расправился с И. П. Шуйским и митрополитом Дионисием, «им же бе приказал царь Иван царьство и сына своего Федора хранить»

Пока был жив царевич Иван, отсутствие детей у второго сына, Федора, не огорчало царя. Бездетность удельного князя отвечала высшим государственным интересам. Когда Федор стал наследником, все переменилось. Желая предотвратить пресечение династии, Грозный стал требовать от Федора развода с бесплодной Ириной Годуновой