Пришедшая к власти партия была одной из самых радикальных в тогдашней России. Именно поэтому в тот момент никто кроме самих большевиков не верил, что они смогут удержать власть сколько-нибудь долгое время. Не верили в это и участники московского Собора. Между тем лидеры большевиков придерживались резко антиклерикальных и вообще антирелигиозных позиций, что не могло не привести их в скором будущем к жесткому столкновению с руководством самой влиятельной в России религиозной организации — Православной Церкви. Этим руководством в тот момент являлся Собор.

В ходе октябрьских боев в Москве руководство Церкви предприняло робкую и тщетную попытку «примирить» враждующие стороны. Когда же победитель определился, делегаты Собора вернулись к своим заседаниям, предпочитая просто не замечать совершившейся перемены. Несколько недель длилось это взаимное «незамечание» Советской власти и Православной Церкви. Собор был занят выборами Патриарха, а руководство большевиков, отделенное от него тысячей с лишним километров, заботилось о собственном утверждении у власти. Однако долго все это продолжаться не могло.

11 ноября (ст. ст.) Собор выступил с посланием, в котором хотя и не содержалось никаких имен и названий политических сил, но довольно ясно сквозило недовольство происшедшими событиями. «Ко всем несчастиям присоединилась междоусобица, охватившая Русскую землю… В течение ряда дней русские пушки обстреливали величайшую святыню России — наш священный Московский Кремль… Вместо обещанного лжеучителями нового общественного строения — кровавая распря строителей, вместо мира и братства народов — смешение языков и ожесточенная ненависть братьев. Давно уже в русскую душу проникают севы антихристовы, и сердце народное отравляется учениями, ниспровергающими веру в Бога, насаждающими зависть, алчность, хищение чужого.