Вскоре после этого общая организация дальней разведки была поручена генерал-майору Генерального штаба В. А. Косаговскому, в распоряжение которого были назначены офицеры Генерального штаба (в том числе полковник А. Д. Нечволодов) и переводчик с европейских языков Барбье. С самого начала работы у В. А. Косаговского возникли серьезные осложнения с генерал-квартирмейстером Маньчжурской армии генерал-майором В. И. Харкевичем. В июне 1904 г. В. А. Косаговский писал в своем дневнике: «Владимир Иванович Харкевич боялся, как бы я не стал ему поперек дороги, и употребил все от него зависящее, чтобы затормозить мне это дело. И, увы, он благополучным образом достиг этой гнуснейшей цели на пагубу русскому делу. Харкевич не только не дал мне ни одного способного офицера Генштаба, но еще и подставлял всюду ножку, подрывая мой престиж и восстанавливая против меня Куропаткина, Сахарова[13] и вообще весь штаб. А меня он довел до такого нервного возбуждения, что я готов был задушить Харкевича»

Косаговский действовал независимо от разведотделения армии и передавал добываемую информацию непосредственно Куропаткину. Кроме него, вербовку тайной агентуры осуществляли разведотделение и военные агенты за рубежом.

Со временем число тайных агентов в дальневосточных странах значительно увеличивается. В документах военного ведомства они известны под именами Бале, Эшар, Колинз, Дори, Гидис и т. д.

Тайные агенты прикреплялись к определенным военным атташе или дипломатам, через которых передавали информацию и получали вознаграждение. Так, например, тайный агент в Иокогаме Бале был связан с военным атташе в Тяньцзине полковником Ф. Е. Огородниковым, Дори – с атташе в Париже полковником Лазаревым и т. д.

Однако сведения, добываемые тайными агентами, освещали в основном организацию тыла японской армии.