К началу Русско-японской войны японцы наводнили своими агентами все более или менее важные пункты намеченного ими театра военных действий. В Маньчжурии и Уссурийском крае японские шпионы проживали под видом торговцев, парикмахеров, прачек, содержателей гостиниц, публичных домов и т. д. Из-за отсутствия должной организации русская контрразведка в 1904—1905 гг. оказалась не в состоянии успешно противостоять вражеской агентуре. В районе действующей армии контрразведывательная служба была в значительной степени децентрализована. Общий жандармско-полицейский надзор был возложен на полковника Шершова, офицера отдельного корпуса жандармов, прикомандированного к Управлению этапами штаба главнокомандующего. Борьба с агентами из числа китайского населения была поручена известному китайскому коммерсанту Тифонтаю, который активно сотрудничал с русским командованием. Поимкой неприятельских лазутчиков занимались также агенты начальника транспортов действующей армии генерал-майора Генерального штаба Н. А. Ухач-Огоровича, разведотделение штаба Маньчжурской армии (до сентября 1904 г.) и штабы частей.

Для контрразведки в период Русско-японской войны были характерны в принципе те же недостатки, что и для разведки, только положение здесь было еще хуже. Подробное описание работы контрразведывательных органов читатель найдет в отчетах разведотделений, публикуемых в данной книге.

В целом в период Русско-японской войны организация борьбы со шпионажем оказалась малоэффективной. Решающую роль сыграли отсутствие специального органа контрразведки, недостаток кадров, денежных средств и организационная путаница.

На протяжении всей войны контрразведка велась вяло и бессистемно, что обусловило на редкость высокую эффективность деятельности японской разведки и способствовало широкой осведомленности японского командования о силах и намерениях русских войск.