С 1650 по 1765 год Слобожанщина имела самоуправление и была организована в соответствии с казацкими военными традициями, т. е. имела полково-сотенное устройство. Слободская Украина была разделена на пять полков — Острогожский (иначе — Рыбинский), Харьковский, Сумской, Ахтырский и Изюмский.

Полк одновременно был и военной, и территориальной единицей. Вся военная, административная и судебная власть на территории полка принадлежала полковнику. Он имел при себе символы власти полка: печать, литавры, полковую хоругвь. В военную и гражданскую администрацию входили: обозный, судья, есаул, хорунжий и два писаря.

В XVIII веке начался процесс ограничения Москвой автономии Слобожанщины, который закончился в 1765 году, когда была создана Слободско-украинская губерния с административным центром в Харькове, в состав которой вошли Изюмская, Ахтырская, Острогожская, Харьковская и Сумская провинции. В 1780 году Слободско-украинская губерния была ликвидирована и, за исключением Острогожского уезда, вошла в состав Харьковской губернии. В 1796 году вместо Харьковской губернии вновь создана Слободско-украинская губерния, к которой присоединили также Купянский уезд Воронежской губернии.

В начале XIX века Слобожанщина стала центром украинского национально-культурного возрождения. И вот что интересно, произошло это на территории Российской империи, а не Польши. Хотя об этом современные украинские националисты не вспоминают.

В 1805 году в Харькове основан первый на украинских землях в составе Российской империи университет. За первые 50 лет своего существования высшее образование в университете получили 2800 человек. С 1816 по 1819 год в Харькове издавался первый в Украине массовый популярный журнал «Украинский вестник» (основанный Евграфом Филомафитским), который положил начало практике печатания научных материалов на украинском языке. В 1834 году в Харькове изданы «Малорусские рассказы» Григория Квитки-Основьяненко, которого называли «отцом украинской прозы».