Прошло несколько лет, и Борис Годунов, управлявший государством от имени недееспособного Федора, прислал в Углич дьяка Михаила Битяговского. Дьяк был наделен самыми широкими полномочиями. Фактически царевич Дмитрий и его мать царица Мария Нагая лишились почти всех прерогатив, которыми они обладали в качестве удельных владык. Битяговский контролировал все доходы, поступавшие в удельную казну.

Дмитрий-младший погиб в Угличе 15 мая 1591 года. Согласно официальной версии, он нечаянно нанес себе рану, которая оказалась смертельной. Комиссия боярина Шуйского, расследовавшая дело по свежим следам, пришла именно к такому заключению. «Обыск» (следственное дело) Шуйского сохранился до наших дней. Но вид неловко разрезанных и склеенных листов давно вызывал подозрения у историков.

По слухам, царевич Дмитрий был злодейски зарезан людьми, подосланными Борисом Годуновым. Версия насильственной смерти Дмитрия получила официальное признание при царе Василии Шуйском и при Романовых. Она оказала огромное влияние на историографию. Это влияние сказывается и по сей день.

Смерть Дмитрия Угличского сопровождалась бурными событиями. В Угличе произошло народное восстание. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и др. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия. Она допросила сто сорок свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия сохранились до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой то ли ограничились простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую выборку, а возможно, и подвергли редактированию. Тщательное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное сначала В. К. Клейном, а затем А. П. Богдановым, в значительной мере рассеивает подозрения насчет сознательной фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии