Его преосвященство нашел убежище в уединенном монастыре и вернулся к пасторской деятельности в своей прежней епархии, в результате чего к нему отнеслись благосклонно, когда конклав собрался вновь после смерти папы Пия IV 9 декабря 1565 года. Интересно, что после того, как конклав прозаседал три недели, кардинал Карло Борромео, доверенное лицо почившего папы, решил поддержать кандидатуру кардинала Гизлиери, которому покровительствовал король Филипп II. Уже в течение долгого времени Гизлиери получал от испанской короны субсидию в 800 дукатов.

7 января 1566 года кардинал Гизлиери был избран папой и принял имя Пий V. Посол Испании сказал тогда: «Пий V — это тот папа, который нужен нашему времени». Филипп II также с удовольствием воспринял восхождение на трон святого Петра своего союзника. То, что выбор пал именно на этого человека, означало победу тех сил, которые хотели иметь понтифика сурового и благочестивого, но в то же время способного бороться с протестантской реформацией и всеми силами ей противодействовать. Что действительно не вызывало сомнений, так это то, что папа Пий V употребит весь свой предыдущий опыт главы инквизиции для создания действенной, неумолимой и слепо послушной приказам его святейшества папы агентурной сети.

Главной задачей шпионов Священного Альянса (такое название папа дал своей секретной службе в честь союза Ватикана с католической королевой Марией Стюарт) был сбор информации о возможных политических действиях и интригах, исходящих из Лондона. Добытые агентами сведения переправлялись тем могущественным монархам, которые поддерживали католицизм и папство в борьбе против все шире распространявшегося протестантизма. Первейшей обязанностью папских агентов было предоставление своих услуг королеве Марии Стюарт с целью предпринять попытку реставрации католицизма в Шотландии, которая в 1560 году объявила себя пресвитерианской державой, и для борьбы с протестантизмом. Пий V понимал, что его главным врагом была отколовшаяся английская церковь, которую представляла Елизавета, дочь короля Генриха VIII и Анны Болейн.